系统方面，HTC Desire 516搭载了时下主流的Android操作系统，系统版本为当前较新的Android 4.3。值得一提的是，这款手机并未采用HTC Sense UI（用户界面）。不过，HTC Desire 516的界面以及功能依然被深度定制，加入了众多HTC智能手机的特色功能或应用。

　
桌面界面和HTC缤纷聚合界面

　　与新HTC One（M8）这样的旗舰级产品一样，HTC Desire 516加入了HTC智能手机独有的HTC缤纷聚合界面，如上图所示。它将众多资讯内容，以及来自应用程序（比如微信朋友圈、微博）的最新消息聚集在了一处，用户上下滑动即可阅读所以信息，轻松方便，而且支持离线阅读完整文章，设计较为贴心和人性化。

　
通知栏快捷方式列表界面和系统设置界面

　　同时，这款手机依然支持通知栏快捷方式列表，界面风格与原生Android系统相似，预置了亮度、WLAN、飞行模式、移动数据等多个常用设置的开关，为用户日常使用带来了便利。不过，它并不支持用户自定义，用户体验相比HTC Sense UI还有一定差距。

　
小hi界面

　　另外，HTC Desire 516同样预置了HTC智能语音助手——小hi。在联网的情况下，用户下达相应的语音指令，通过它就可以轻松打电话发信息、查线路、天气或是播放歌曲等操作，语音识别率高，体验不错，为这款售价仅为1199元的中端智能手机增色不少。

　
应用程序列表和微信界面

　　此外，这款手机还预装了沃商店、沃门户等特色应用，以及百度地图、去哪儿旅行、新浪新闻等热门应用。当然，用户还可以自行下载安装百度输入法、UC浏览器、微信、陌陌等其它热门应用，而HTC Desire 516都能正常运行，能够满足用户日常的应用需求，可玩性高。